En fonction de leur type d’activité les CNR pour la lutte contre les maladies transmissibles ont des missions :

 d’expertise concernant la microbiologie ou la pathologie des agents infectieux : confirmation de l’identification et typage des souches adressées par les laboratoires d’analyses et de biologie médicale ; maintien, détention et diffusion des techniques de diagnostic, d’identification et de typage. Ceci comprenant constitution et entretien de collections de souches types, d’antigènes ou immun-sérums de référence, de marqueurs épidémiologiques.
 de contribution à la surveillance épidémiologique (surveillance de l’évolution et des caractéristiques des infections, résistance aux anti-infectieux, couverture immunitaire...). Les CNR participant à la surveillance d’une infection doivent au minimum répondre à des items bien définis par le cahier des charges défini dans l’arrêté du 29/06/2001. A cette fin, ils fournissent à leurs correspondants les fiches de renseignements épidémiologiques et cliniques relatifs à leur domaine d’intervention.
 d’alerte c’est-à-dire signalement de phénomènes anormaux à la Direction Générale de la Santé (DGS) et à l’Institut de Veille Sanitaire (InVS) telles des épidémies, l’émergence ou la résurgence d’agents infectieux.
 de conseil auprès des pouvoirs publics (ministère en charge de la santé) et des professionnels de santé

Pour en savoir plus, consultez le site internet : Centre National de Référence des légionelles